La educación secundaria obligatoria es una etapa educativa que comprende cuatro cursos académicos entre los doce y los dieciséis años de edad. Un período fundamental en el proceso vital de aprendizaje para asentar las bases personales y académicas con las que afrontar los retos del futuro.
Por todo ello, las metodologías que se empleen, las relaciones establecidas con el profesorado, los planes de acción tutorial y el trabajo conjunto con las familias contribuirán enormemente a ese crecimiento integral del alumnado que le permita desarrollar la autonomía personal y el espíritu crítico necesarios para afrontar con decisión, firmeza, seguridad y sólidos valores la creación de su propio proyecto de vida.
El Colegio Santa Juana de Lestonnac imparte actualmente los siguientes niveles educativos, todos ellos concertados:
1º, 2º, 3º y 4º curso (dos clases por curso)
También cuenta con dos aulas de Educación Especial.